基因组学研究

• CytoScan芯片服务

  
  

     细胞遗传学 (Cytogenetics)，就是研究 DNA 变异与疾病等之间关系的科学。传统的细胞遗传学，例如核型分析或者各种现代技 术，虽然具有全局性的优点，但是其较低的分辨率越来越不能适应现代科研和临床检测的要求；而荧光原位杂交 (FISH) 等技术，虽然 分辨率有所提高，但是却不是全局性的检测工具。

  
  

         鉴于此，Affymetrix 公司所推出的新一代细胞遗传学解决方案，即达到了全局性地扫描基因组的目的，又具有极高的分辨率，将 拷贝数和 SNP 信息相结合。从而不遗漏检测对象全集因组范围内任何极细小的变化，同时还提供了完全免费、界面友好的分析软件 (CHAS)，方便临床医师和科研人员对遗传疾病、致病机制和产前产后等领域进行研究。该产品可以分析染色体（微）缺失、（微）扩增等，同时还可以用于疾病如肿瘤的研究。

  
  

  业界密度最高的细胞遗传学芯片，含有超过270万种探针，包括：
  75万种可以分型的SNP探针
  195万个拷贝数探针

  
  

  为真实SNP分型实验而设计，能得到分型结果
  能进行单亲二倍型 (UPD) 遗传病、杂合性丢失 (LOH)、家系研究以及血缘关系鉴定等方面工作。 例如可在拷贝数等于“2”看 似正常的 DNA 区域中发现 LOH；以及鉴定子代每一个 DNA 区域的父母亲本来源等等
  针对有明确遗传线索的表型分析的芯片，适合常见遗传病的筛查
  共能检测到 750000 个生物学标志物，其中：200000 个 SNP 标志物，550000 个非多态标志物
  分析与人类疾病最相关的遗传与结构变异
  影响人表型的许多类型和大小的基因组结构变异可以用此芯片检测 (复制、缺失、扩增、LOH)
  已知的所有的具有重要意义的细胞学区域可以得到检测

  
      CytoScan Optima芯片

        CytoScan® Optima Suite在设计上融合了全世界众多细胞遗传学家的专业意见，并根据CytoScan® Cytogenetics Suite系列芯片的经验进行优化。CytoScan® Optima 芯片有着全基因组的覆盖度，并且在与产前和围产期应用相关的396个关键基因区域有着更高的探针覆盖度。

  • 共能检测180,18个CN和148,450个SNP标记

  • 可应用于产前及流产物样本中CNV的检测，等位基因不平衡的检出，中性拷贝数变异（AOH/LOH）的    鉴定，并确定染色体费平衡易位的发生

    由绒毛、羊水、培养细胞、POC以及血液样本组成的内置参考文件

    样本要求

    全血，细胞系，精液或者组织：应确保DNA的各种来源可以抽提出5µg DNA

    细胞样本一般要求提供≥ 1×10⁷ 个细胞数/样品

    全血一般≥1000µL

    组织量一般≥100mg。不建议用包埋或者固定后的组织。请避免反复冻融！

  
  

    DNA：请提供柱纯化后的DNA， 提供的DNA必须满足如下条件：

     没有扩增过

     没有抑制剂

     最好无盐

     无污染

     没有发生明显降解

     请提供5µg DNA，以及电泳鉴定图（配上常用分子量Marker）
  

  
  

    服务流程

  技术服务步骤

  基因组DNA纯化

  基因组酶切及与Adaptor连接反应

  扩增反应及产物的纯化

  扩增产物的片段化及其标记

  基因芯片杂交反应、扫描、数据处理

  检测报告内容

  原始数据	CEL文件、CYCHP文件及芯片扫描原始图像。
  质检报告	DNA样本质检报告、CHAS软件给出的芯片质检报告。
  数据分 析结果	以Excel表格或文本文件及图像格式提供给甲方所有样品CNV/LOH区段、位置、大小及数据库信息。
  	根据SNP位点信息判断LOH的亲本来源（需同时提供亲本芯片数据）。
  参考资料	芯片数据解读说明性文件及实验流程等。

• OncoScan芯片服务

          实体瘤的拷贝数分析对于癌症的诊断、预后以及治疗方案选择的重要性显升。OncoScanTM FFPE 芯片系列能够从质量有限的、高度变性和降解的福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed Paraffin-embedded, FFPE)样本的DNA中准确测定实体瘤中的拷贝数变化 (Copy Number Variation, CNV) 和等位基因不平衡，包括杂合性缺失 (Loss of Heterozygous, LOH) 等信息。

  
  

          在实体瘤研究中，FFPE 样本由于容易存储而占绝大多数，而 FFPE样本存在高度降解、获得的DNA数量有限的问题，从实体瘤组织中获得全基因组拷贝数和杂合性缺失信息，一直是一个巨大的挑战。传统的FISH和PCR技术存在分辨率低、位点有限的瓶颈，下一代 测序技术虽然也能用于突变检测，但要从异质性的FFPE样本中获得全基因组拷贝数信息，仍面临目标富集和深度测序的重大挑战。

  芯片特点

  1. 只需要 80ng的起始DNA量

  2. 对高度降解的(>=100 bps) FFPE 样本也同样适用

  3. 统一的参考数据探针设计-全基因组芯片

  加密覆盖 ~900 个癌症基因(50kb-100kb)

  全基因组范围的覆盖(300kb-400kb)

  全基因组LOH (3-10Mb)检测能力在9个基因中检测74种获得性细胞突变(SM) 嵌合体分析(肿瘤比例大于20%)

  4. 最广的拷贝数变异范围, 0, 1, 2, 3, 4, 5-6, 7-10, 11-20, 20-50, 最高可以检测50倍变异

  芯片种类

  芯片名称	区别
  OncoScan® FFPE Assay Kit	前者含有获得性突变 panel，覆盖 9 个基因 (BRAF、KRAS、EGFR、IDH1、IDH2、PTEN、PIK3CA、NRAS、   TP53) 中的 74 个突变
  OncoScan® CNV FFPE Assay Kit

   

  技术原理

       此类芯片利用分子倒置探针 (MIP) 技术，这是一种分析拷贝数变化、杂合性缺失和检测获得性突变的成熟技术。

  

    针对基因组SNP设计的同源序列探针     TAG标签     DNA目标片段

    通用引物               酶切位点

  
  

  样本要求

  FFPE样本

  3μm≤FFPE厚度一般≤10μm，每片表面积≥250mm²，要求去除石蜡包埋块中暴露在空气中的前2-3张切片，至少需要10张切片，每5-8张切片放入一个1.5mL离心管中，冷链运输。

   

  DNA

  请使用柱纯化后的DNA，提供的DNA必须满足如下条件：

  •   绝对不能溶于水中，一定要溶于ATE buffer或者1*TE Buffer（10mM Tris和0.1mM的EDTA，pH8.0）

  •   没有扩增过

  •   没有抑制剂（包括肝素、枸橼酸钠、高浓度的EDTA等）

  •   最好无盐

  •   无污染

  •   请提供至少300ngDNA，浓度至少为30ng/μL的DNA浓度测定结果数据；测定浓度要求使用荧光测定法（如Qubit、PicoGreen等），绝对不能用NanoDrop2000测定。

  
  

  服务流程

  1. 基因组DNA纯化、质控

  2. 样本处理（Anneal、Gap fill过程）

  3. 扩增反应及产物的纯化

  4. 扩增产物的片段化及其标记

  5. 基因芯片杂交反应、扫描、数据处理

  
  检测报告内容

  原始数据	CEL文件、OSCHP文件及芯片扫描原始图像
  质检报告	DNA样本质检报告、Affymetrix软件给出的芯片质检报告
  数据分 析结果	以Excel表格或文本文件及图像格式提供给甲方所有样品CNV/LOH区段、位置、大小及数据库信息。
  	根据SNP位点信息判断LOH的亲本来源（需同时提供亲本芯片数据）
  参考资料	芯片数据解读说明性文件及实验流程等

  
  

• 高通量KASP SNP分型服务